Na batalha no planeta SR-388,no game Metroid 2:Return of Samus no final do game,Samus encontra um ovo de Metroid no meio do caminho,em vez de destruir o ovo ela leva o ovo junto com ela dando gancho para a terceira parte da saga,ou seja o Super Metroid.

Samus Aran entrega o ovo de Metroid que estava com ela para a estação de pesquisa de Ceres,e os cientistas descobrem que os poderes do bicho podem ser usados para o bem.Quando parte da estação recebe um chamado de socorro e deve voltar.Tarde demais!Os cientistas foram assassinados,e o Metroid foi roubado por Ridley,um inimigo do primeiro game,e ainda por cima ele dá um jeito de explodirtoda a estação.Antes de ser destruida,Samus Aran consegue escapar.Logo sua missão fica clara:Ela deve voltar ao planeta Zebes para deter os piratas espaciais e tentar recuperar o Metroid e é assim que começa o Super Metroid ou Metroid 3.