Dr.Wily pediu perdão mas de nada adiantou. Ele criou mais oito robôs para contra-atacar Mega Man. Mais uma vez o herói azul é o encarregado para acabar com mais planos maléficos do velho Dr. Wily.

O segundo título da série para o NES se destaca logo de cara pela opção de escolher o grau de dificuldade do game: média ou difícil. O esquema é o mesmo do jogo anterior, mas a pontuação que existia antes passou a não mais existir. Você escolhe com qual robô lutar primeiro, cada qual com uma característica, e ao derrotá-lo você rouba sua habilidade fazendo desta o ponto fraco de outro robô.

Os comandos do jogo seguem também o jogo anterior, e as fases estão bem diferentes. Você terá que passar por uma longa floresta e também por uma fábrica abandonada.

Contudo, Mega Man 2 também inovou trazendo os sistemas de passwords: a cada avanço conquistado, o jogo lhe dá senhas para prosseguir a partir dali.

Outra inovação são os novos itens que Mega Man recebeu, nesessários para prosseguir em certas áreas do game.

Mega Man 2 foi o primeiro a possuir o item 'E', um tanque que recupera toda a barra de energia de Mega Man, que não há necessidade de utilizá-lo logo quando pego.

Os gráficos superaram completamente os de Mega Man 1, com maiores detalhes ao fundo e texturas mais bem definidas dos objetos. Outro fator que merece destaque é a trilha sonora. Os sons, ruídos, músicas e qualquer outro argumento ligados ao som foram bem inseridos e aperfeiçoados, principalmente as músicas de cada estágio - não sairam de sua cabeça, como a do estágio de Bubble Man!